分区只是由分区表中记录的边界确定的一段扇区。在操作系统使用分区存储文件之前，必须格式化该分区，以在分区中建立一个文件系统。文件系统通常包含标签，目录块，数据块，用于定位文件的索引结构等。文件系统也帮助操作系统记录分区中的可用空间，在创建文件或增大已有文件的大小时保留需要的扇区，并回收利用已删除的文件的数据空间。一些文件系统还提供数据冗余和错误恢复功能。
LFS 可以使用 Linux 内核能够识别的任何文件系统，但最常用的是 ext3 和 ext4。文件系统的选型是一个复杂的问题，要综合考虑分区的大小，以及其中所存储文件的特征。例如：
适用于不经常更新的小分区，例如 /boot。
是 ext2 的升级版本，拥有日志系统，能够在非正常关机的情况下恢复分区的正常状态。它被广泛用于一般场合。
是 ext 文件系统家族的最新成员，它支持纳秒精度时间戳、创建或使用超大文件 (最大 16 TB) 支持等新功能，速度也更快。
其他文件系统，包括 FAT32, NTFS, ReiserFS, JFS 和 XFS 在特定场合也很有用。关于它们和其他文件系统的更多信息可以在 https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_file_systems 找到。
LFS 假设根文件系统 (/) 采用 ext4 文件系统。输入以下命令在 LFS 分区创建一个 ext4 文件系统：
mkfs -v -t ext4 /dev/<xxx>
命令中 <xxx> 应该替换成 LFS
分区的名称。
如果您拥有一个现成的 swap 分区，就不需要格式化它。如果新创建了一个
swap 分区，需要执行以下命令以初始化它：
mkswap /dev/<yyy>
命令中 <yyy> 应该替换成
swap 分区的名称。